麝香鼠不是保护动物。但洪水泛滥、水域干涸、冬季雪少、严寒等一系列灾害，以及寄生虫病和自然疫源性疾病感染，常使麝鼠数量明显减少，所以被列入《世界自然保护联盟》2016年濒危物种红色名录ver3.1——无危。