不从医保卡里扣。1、医保费用目录，把医院所有收费项目分为甲类、乙类、自费类、置换类等。挂号费属于自费项目，不属于医保基本医疗费用范围，当然不能使用医保卡支付。2、在医院，挂号费、诊疗费均属于门诊正常收费，是物价部门根据医院级别、接诊医师资格级别明文规定的。3、收费方式不同、价格不同都是物价局、卫生局认可的，有批文的。