如果第自然人股东撤资，如果被撤资企业是非合伙企业，那么自然人股东需缴纳印花税和财产转让所得的个税，税率20%。应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费；如果是法人股东撤资，则会涉及缴纳印花税和企业所得税。