1、创立基础不一样：黄教是藏传佛教格鲁派的俗称，由宗喀巴大师以噶当派为基础创立；红教则是藏传佛教宁玛派的俗称，宁玛意为“古旧”，由莲花生大士传来而得名。

2、重视不一样：黄教注重戒律，对显宗密宗同样重视；红教尤其重视“伏藏”。

3、制度不完全一样：黄教实行活佛转世制度，最著名的像班禅大师、达赖喇嘛、帕巴拉活佛；红教修行者红衣红帽，可以娶妻生子。

4、地位不一样：黄教自明清之际直到民主改革前，一直是西藏地方的执政教派；红教寺院分布散布四方，远至西欧北美。