重庆交通大学现设有重点学科：地理学、力学、机械工程、材料科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、水利工程、测绘科学与技术、交通运输工程、船舶与海洋工程、管理科学与工程。

重庆交通大学是一本，是一所交通特色鲜明、以工为主的多科性大学，为交通运输部与重庆市共建高校。土木工程、港口航道与海岸工程、交通运输等3个国家特色专业通过工程教育专业认证，水利水电工程等7个专业获批教育部“卓越工程师教育培养计划”试点专业，有重庆市“三特行动计划”特色专业15个、特色学科专业群7个。