公司变更股东，本质上属于股权转让行为。依据《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》，自然人股权转让行为，转让方需要按“财产转让所得”计征个人所得税。因此，股权转让方应当将收益部分的20%缴纳个人所得税。即：以转让股权的收入额减除原值和合理费用后的余额，适用百分之二十的比例税率，计算缴纳个人所得税。但是，如果转让方以原价转让的，不交个人所得税。