1、生长习性的不同，蘑菇在全球各地都广泛的分布，其中在热带、湿润地区分布比较多；而香菇主要是冬春季生于阔叶树倒木上，群生，散生或单生。

2、营养价值的不同，蘑菇的营养比较丰富，高蛋白、低脂肪，含有丰富的人体必需氨基酸、矿物质、维生素和多糖等营养成分；而香菇含有多糖、多种氨基酸和多种维生素。

3、毒性的不同，在自然界中有部分蘑菇是有毒的，而香菇则没有毒。

4、养分的来源不同，蘑菇的养分来源主要是猪粪、牛粪以及磷肥等各类物质；而香菇的养分主要是来自木屑中的纤维、半纤维素和木质素。