小龙女和杨过分开16年主要是因为,她想要让杨过活下去,她知道杨过很爱她,但她中了冰魄银针的毒快死了,而杨过中了情花毒还有断肠草可以解毒。小龙女知道自己死后,杨过不会独活,于是就留下了和杨过16年见面的留言。
其实,小龙女认为16年后,杨过肯定会忘了自己的,而且也可以争取时间,让杨过治好情花毒。因为杨过想要和自己见面,他一定会好好解毒的。
再加上,黄蓉骗杨过小龙女是被南海神尼救走的,南海神尼还帮小龙女解了冰魄银针的毒,所以她也希望杨过可以等小龙女16年,实际上黄蓉知道小龙女已经跳崖死了。不过,小龙女很幸运,她跳崖之后并没有死,在寒潭里她找到了解毒的办法。
最终16年后,杨过没等来小龙女也跳崖了,后来在悬崖下面找到了小龙女,两个人分离16年后终于见面了,发誓从此不再分开。后来,两个人帮助郭靖、黄蓉守卫襄阳,他们成了神雕侠侣,再后来就隐退江湖了。