因为康熙拥有军队人数、将领、控制区域、人口、经济实力的优势。三藩作乱的时候是1673年,那时候清王朝已经完成了国家统一,领土辽阔。所以三藩控制的地区与清朝政府相比小,人口、经济、军事实力也相对弱小。只是由于八旗军队的逐渐腐化,才使得吴军在刚开始占据上风。
康熙拥有政治和道义上的优势。康熙时期,国家统一,经济的发展需要和平稳定的环境,老百姓安居乐业也要求和平,三藩作乱违背了人民的意愿和历史的潮流,不得人心。历史上犯上作乱都是背上不道德的骂名的,不管借口如何的冠冕堂皇,例如西汉七国之乱打着“清君侧”的旗号,明朝燕王朱棣打着靖难的旗号都不过是借口,后世的骂名仍然滚滚来。